Phân tích đa dạng di truyền là yếu tố quan trọng quyết định đến thành công của các chương trình chọn giống. Trong nghiên cứu này, 20 giống lúa trồng phổ biến ở đồng bằng sông Cửu Long được đánh giá đa dạng di truyền với 50 chỉ thị phân tử SSR. Chỉ số đa dạng di truyền He đạt giá trị trung bình 0,40. Số alen hiệu dụng Ne trên mỗi chỉ thị từ 1,05 đến 2,00 với giá trị trung bình 1,73. Chỉ số Ho (dị hợp tử quan sát được) và chỉ số Shannon (I) đạt giá trị trung bình tương ứng với 0,25 và 0,58. Phân nhóm di truyền UPGMA theo khoảng cách Jaccard nhóm các giống lúa cho thấy, có 4 nhóm chính với nhóm nhiều nhất gồm 11 giống và nhóm ít giống nhất là 1 giống. Các giống lúa khảo sát cho thấy mức độ đa dạng ở mức trung bình. Kết quả nghiên cứu này có thể được sử dụng cho các chương trình cải tiến các giống lúa đang canh tác tại khu vực.