QTL9 đã được báo cáo liên quan đến cấu trúc bông lúa, đặc biệt là hai tính trạng số gié thứ cấp/bông (SGtC) và số hạt/bông (SlH) ở một tập đoàn các giống lúa bản địa Việt Nam. Ba chỉ thị phân tử CAPS (Cleaved Amplified Polymorphic Sequences) bao phủ vùng QTL9 đã được phát triển để xác định kiểu gen vùng QTL9 ở các giống lúa. Ứng dụng các chỉ thị phân tử (CtPt) CAPS để phân loại haplotye QTL9 trên một tập đoàn gồm 18 giống lúa thương mại năng suất cao, chất lượng tốt đã thu được 11 giống thuộc haplotype 1 (cấu trúc bông nhỏ) và 5 giống thuộc haplotype 2 (cấu trúc bông to). Đánh giá SlH và SGtC của 2 haplotype cho thấy có 6 giống của haplotype 1 có thể sử dụng làm mẹ và 4 giống của haplotype 2 có thể sử dụng làm bố để lai tạo nhằm cải tiến năng suất của các giống chất lượng.