PHÂN TÍCH IN SILICO HỌ GEN MÃ HÓA YẾU TỐ PHIÊN MÃ NUCLEAR FACTOR - YB TRÊN CAM NGỌT (Citrus sinensis)
Các Tác giả
Chu Đức Hà, Nguyễn Thu Trang, Đoàn Thị Hải Dương, Vũ Thị Thu Hiền, Nguyễn Văn Giang, Phạm Thị Lý Thu, Lê Tiến Dũng
Từ khóa
Nuclear factor-YB, Cam ngọt, tin sinh học, in silico
Tóm tắt
Trong nghiên cứu này, họ gen mã hóa tiểu phần NF-YB (Nuclear factor-YB) đã được phân tích trên hệ gen cây cam ngọt (Citrus sinensis) bằng phương pháp tin sinh học. Kết quả đã xác định được 19 gen mã hóa cho họ NF-YB, CsNF-YB, trên hệ gen cam ngọt. Phân tích cấu trúc gen cho thấy họ CsNF-YB khác nhau về kích thước và số lượng exon/intron. Kích thước và trọng lượng của các phân tử CsNF-YB khá đa dạng. CsNF-YB4, -YB9, -YB10, -YB11, -YB12, -YB13, -YB15 và -YB19 có kích thước và trọng lượng ở mức trung bình nên chúng có thể dễ dàng xuyên qua màng. Giá trị pI và công cụ TargetP cho thấy họ NF-YB có thể cư trú ở nhiều vị trí để thực hiện chức năng trong tế bào. Cuối cùng, dựa vào dữ liệu RNA-Seq, hầu hết các gen CsNF-YB đều được tăng cường phiên mã tại ít nhất 1 mô hoặc cơ quan chính. Gen CsNF-YB6 được tăng cường phiên mã ở lá, trong khi CsNF-YB3 và CsNF-YB7 có thể được tích lũy nhiều ở callus. Một số gen, như CsNF-YB13, -YB19 và -YB5 có mức độ biểu hiện rất mạnh ở cả 4 mô, cơ quan chính trên cây cam ngọt.