Kết quả đánh giá năng suất của 8 nhóm dòng BP gồm 790 dòng thế hệ F2:3 trên đồng ruộng trong điều kiện hạn và tưới đủ cho thấy năng suất các nhóm dòng này đạt từ 0,74 - 1,37 tấn/ha/hạn và 1,21 - 2,51 tấn/ha/tưới đủ, giảm 22,0% - 48,6. Nhóm dòng BP2, BP6, BP7 và BP8 có phương sai kiểu gen ở điều kiện hạn từ 0,10 - 0,23 và có hệ số di truyền từ 0,55 - 0,69, cao hơn các nhóm dòng khác, chứng tỏ có nhiều cơ hội chọn lọc được các gia đình F2:3 tốt phù hợp với mục tiêu làm thuần dòng thế hệ mới tiếp theo và phục vụ chọn tạo giống ngô lai chịu hạn. Qua phân tích kiểu gen và sử dụng 39.846 SNP cho 8 nhóm dòng BP đã xác định được 15 vùng gen quan trọng quy định về năng suất hạt liên kết với 15 chỉ thị phân tử (SNP) trên các nhiễm sắc thể số 3; 4; 5; 6; 7; 8; 9; 10 phù hợp ứng dụng chỉ thị phân tử trong chương trình chọn giống ngô chịu hạn.