Khảo sát thành phần loài cá ở Vườn Quốc gia (VQG) Tràm Chim được thực hiện vào tháng 10 năm 2018 (mùa mưa) và tháng 3 năm 2019 (mùa khô) ở các kiểu sinh cảnh là lung sen, đồng cỏ năng, rừng tràm và kênh rạch. Kết quả khảo sát đã thu và định danh được 68 loài cá thuộc 9 bộ và 26 họ, trong đó có 5 loài trong danh mục Sách đỏ IUCN (cá lòng tong đỏ - Rasbora urophthalmoides, Cá duồng - Cirrhinus microlepis, Cá leo - Wallago attu, Cá trê vàng - Clarias macrocephalus, Cá lia thia - Betta splendens) và 1 loài ngoại lai (cá lau kính - Pterygoplichthys pardalis) có nguy cơ xâm hại hệ sinh thái. Kết quả cũng cho thấy sự đa dạng thành phần loài và mức độ phong phú của nguồn lợi cá chịu ảnh hưởng bởi mùa vụ, mùa mưa đa dạng hơn so với mùa khô. Đối với sinh cảnh kênh rạch, thành phần loài cá ở vùng đệm đa dạng hơn so với ở bên trong VQG; vì vậy cần có giải pháp quản lý thích hợp nhằm duy trì sự đa dạng thành phần loài cá bên trong VQG từ nguồn giống tự nhiên trong giai đoạn ngập lũ.