Ba phương pháp ly trích ADN được nghiên cứu để đánh giá tính hiệu quả và kinh tế khi sử dụng đánh giá kiểu gen phục vụ nghiên cứu chọn tạo giống. Mỗi phương pháp được đánh giá dựa vào khả năng khuếch đại của phản ứng PCR, thành phần hóa chất, vật tư tiêu hao cũng như thời gian thực hiện. Kết quả cho thấy phương pháp ly trích bằng NaOH-Tris cho hiệu quả kinh tế cao nhất so với phương pháp IRRI và CTAB. Kết quả sản phẩm PCR của phương pháp NaOH-Tris tương đương với hai phương pháp còn lại. Phương pháp NaOH-Tris được thực hiện trong 2 bước, hiệu quả, thời gian thực hiện ngắn nhất cũng như rẻ tiền nhất so với phương pháp IRRI và CTAB. Phương pháp ly trích ADN với NaOH-Tris thích hợp cho các nghiên cứu ứng dụng chỉ thị phân tử trong chọn tạo giống ở các phòng thí nghiệm trang bị cơ bản tại Việt Nam.