Hiện tượng phú dưỡng là mối đe dọa nghiệm trọng đối với chất lượng nước và hoạt động của các hệ sinh thái dưới nước. Thành phần loài và cấu trúc quần xã tảo thể hiện sự thay đổi theo những thay đổi về lý hóa, sinh học và tình trạng dinh dưỡng của nước. Nghiên cứu này được thực hiện để đánh giá mức độ phú dưỡng tại các ao nuôi trồng thủy sản (NTTS) trên cơ sở chỉ số cấu trúc quần xã tảo. Mẫu được thu ở 2 thời điểm (xuân, hè) trong hai năm (2019-2020) tại 15 ao NTTS, trong đó ao nuôi quảng canh chiếm 20%, bán thâm canh chiếm 33,3% và thâm canh chiếm 46,7%. Kết quả nghiên cứu đã ghi nhận 45 chi tảo thuộc 6 ngành, trong đó chiếm ưu thế là tảo lục (17 chi), tảo cát (11 chi) và tảo lam (9 chi) với mật độ tảo tổng số là 1.200 đến 12.200 tế bào/mL, và mùa hè cao hơn mùa xuân. Tảo lam chiếm ưu thế ở hầu hết các ao NTTS, trung bình chiếm 53,7%, trong đó ao nuôi thâm canh có tỷ lệ cao nhất, còn tảo lục và tảo cát lần lượt chiếm 17,6 và 19,9%. Chỉ số cấu trúc tảo (AI) trên tảo lam (CyI), tảo lục (ChI) và tảo cát (DI) trong ao NTTS cho thấy các ao đều ở mức phú dưỡng đến siêu phú dưỡng, và có tương quan với tình trạng dinh dưỡng thông qua các chỉ số chất rắn lơ lửng (TSS), TN, TP và tổng coliform (mức ý nghĩa 0,05).