Lúa nếp là cây lương thực quen thuộc mang nhiều giá trị về kinh tế, dinh dưỡng, văn hóa và y học cổ truyền, tuy nhiên các giống lúa nếp đang được canh tác phổ biến hiện nay thường có mức độ nhiễm bệnh cao. Nghiên cứu được thực hiện trên 48 dòng/giống lúa nếp nhằm đánh giá tính đa dạng về đặc điểm hình thái, nông học và xác định sự hiện diện của các gen liên kết với các QTL kháng bệnh đạo ôn, bạc lá và rầy nâu thông qua chỉ thị phân tử. Kết quả đánh giá 42 đặc điểm hình thái và nông học cho thấy một số chỉ tiêu như số chồi hữu hiệu/bụi, chiều cao cây, chiều dài và chiều rộng hạt có hệ số di truyền (h²) cao, cho thấy tiềm năng ứng dụng hiệu quả trong công tác cải tiến giống. Kết quả phân tích kiểu gen bằng chỉ thị phân tử ghi nhận 20/48 dòng/giống mang gen kháng đạo ôn Piz, 17 dòng/giống mang gen kháng rầy nâu Bph18 và 15 dòng/giống mang gen kháng bạc lá xa13. Các dòng/giống này được xem là nguồn vật liệu tiềm năng phục vụ công tác chọn tạo giống trong tương lai.