Kết quả điều tra về hiện trạng sử dụng phân hữu cơ và thuốc bảo vệ thực vật (BVTV) sinh học tại các vùng sản xuất lúa và rau an toàn/GAP, hữu cơ tập trung tại 5 huyện của Hà Nội cho thấy: Đối với sản xuất lúa hữu cơ, nông dân chủ yếu sử dụng phân chuồng ủ hoai để bón lót và sử dụng chế phẩm vi sinh vật (VSV), phân hữu cơ vi sinh, bột đậu tương để bón thúc. Đối với sản xuất rau hữu cơ, chủng loại phân bón hữu cơ được sử dụng cũng không đa dạng, chủ yếu là phân chuồng ủ, phân trùn quế sản xuất tại chỗ, dịch đạm cá và dịch đậu tương tự ngâm ủ. Phân hữu cơ công nghiệp, tro bếp và trấu hun cũng được nông dân sử dụng, nhưng không phổ biến. Đối với việc kiểm soát dịch hại cho lúa và rau hữu cơ, nông dân chủ yếu áp dụng các biện pháp thủ công và biện pháp sinh học (sử dụng thuốc trừ sâu tự chế, dấm gỗ…). Hiện nay, trên thị trường đã có những loại thuốc BVTV sinh học có nguồn gốc từ thảo mộc, vi sinh vật, nấm… đủ tiêu chuẩn để sử dụng trong trường hợp cụ thể cho lúa và rau hữu cơ, tuy nhiên việc sử dụng còn rất hạn chế do thiếu thông tin và quy trình giám sát sử dụng. Để tạo ra nông sản hữu cơ thương mại có chất lượng đồng đều và sản xuất trên quy mô lớn hơn, việc rà soát, tuyển chọn và phát triển phân bón hữu cơ và thuốc BVTV sinh học đáp ứng tiêu chuẩn trồng trọt hữu cơ là rất cần thiết.