Cấu trúc bộ rễ đóng vai trò quan trọng trong việc quyết định khả năng sinh trưởng và năng suất của cây trồng, đặc biệt dưới các điều kiện stress phi sinh học như hạn hán, mặn và ngập úng. Trong nghiên cứu này, 30 mẫu giống lúa đã được đánh giá sự có mặt của các alen liên quan đến rễ bề mặt và đâm sâu thông qua 15 chỉ thị SSR liên quan đến QTL/gen quy định góc phát triển của bộ rễ. Kết quả xác định 2 chỉ thị RM21969 và RM21976 cho alen liên quan đến QTL/gen điều khiển rễ bề mặt và 5 chỉ thị RM7424, RM5508, RM1357, RM6424 và RM6215 cho alen liên quan đến QTL/gen kiểm soát khả năng đâm sâu của rễ. Ba nguồn mẫu giống 8C, nếp Đài Loan và CTVSu mang đồng thời các gen liên quan đến cả hai tính trạng này. Đây là những kết quả nghiên cứu đầu tiên, cung cấp thông tin khoa học hữu ích cho việc ứng dụng chỉ thị phân tử trong phát triển phương pháp đánh giá và cải thiện khả năng chịu mặn của cây lúa dựa trên cấu trúc của bộ rễ.