Nghiên cứu sử dụng chỉ thị phân tử để xác định gen thơm (fgr), hàm lượng amylose thấp và sử dụng chỉ thị SSR để phân tích sự đa dạng di truyền giữa ba giống lúa Khẩu Lương Phửng, nếp Tan Pỏm và Tẻ Râu. Kết quả nghiên cứu cho thấy, gen thơm (fgr) đồng hợp tử và mang gen quy định hàm lượng amylose thấp được xác định ở 26 dòng lúa Khẩu Lương Phửng và 30 dòng lúa nếp Tan Pỏm. Đồng thời, phân tích chỉ thị SSR đã phát hiện sự sai khác di truyền rõ rệt giữa các giống lúa nghiên cứu, đặc biệt chỉ thị RM72 cho đa hình cao nhất, thể hiện tiềm năng ứng dụng trong các nghiên cứu tiếp theo. Nghiên cứu đã góp phần làm rõ mối quan hệ di truyền của các giống lúa bản địa, cung cấp thông tin hữu ích cho công tác bảo tồn, phục tráng giống và phát triển sản xuất lúa gạo đặc sản.