Đánh giá đa dạng di truyền của các nguồn gen cây trồng là cơ sở quan trọng cho việc xác định nguồn gốc giống và mối quan hệ di truyền của nguồn gen đó với các nguồn gen khác. Việc đánh giá này nếu chỉ dựa vào đặc điểm hình thái sẽ gặp rất nhiều khó khăn do cây trồng ở điều kiện ngoại cảnh khác nhau sẽ có kiểu hình khác nhau. Do vậy, nhóm nghiên cứu đã sử dụng chỉ thị phân tử để đánh giá đa dạng di truyền của 42 mẫu nguồn gen hoa đào được thu thập tại 7 tỉnh thành thuộc miền Bắc và một số tỉnh miền Trung Việt Nam. Kết quả cho thấy, các mẫu nguồn gen hoa đào có đặc điểm hình thái đặc trưng cho khu vực lấy mẫu. ADN tổng số các mẫu giống hoa đào đã được tinh sạch và kiểm tra qua gel agarose. ADN thu được không bị đứt gãy và có độ tinh sạch cao. ADN của 42 mẫu thu thập được kiểm tra độ đa dạng với 9 mồi RAPD. Kết quả khuếch đại vùng đặc hiệu được kiểm tra trên gel agarose cho thấy băng đa dạng di truyền được tổng hợp, phân tích và xây dựng cây phân loại thông qua phần mềm NTSYS 2.1. Tổng 42 mẫu giống hoa đào thu thập được chia thành 4 nhóm ở mức hệ số tương đồng di truyền là 0,64. Nguồn gen hoa đào phai cánh đơn Sapa và nguồn gen hoa đào phai cánh kép Thanh Hóa là hai nhóm độc lập và không trùng lặp với các mẫu giống hoa đào thu thập từ nơi khác.