Chọn tạo giống chanh leo (Passiflora edulis Sims) kháng bệnh hiện là nhu cầu cấp thiết cho chuỗi sản xuất chanh leo bền vững. Nghiên cứu này ứng dụng 20 chỉ thị SSR đặc hiệu kháng NBS-LRR nhằm đánh giá đa dạng di truyền gen kháng và cấu trúc quần thể của bộ 55 mẫu giống chanh leo thu thập từ Nghệ An và Tiền Giang. Giá trị trung bình của các chỉ số di truyền chính H, PIC và D lần lượt đạt 0,43; 0,395 và 0,701, tương đương với các loại chỉ thị đã được sử dụng trước đây. Phân nhóm di truyền và cấu trúc quần thể cho thấy bộ mẫu giống thuộc về 5 quần thể (K = 5), phản ánh đúng nguồn gốc của các mẫu giống. Phân tích tương quan kiểu gen - tính nhiễm bệnh đã xác định được liên kết giữa 6 alen của 5 gen kháng Pe.CNL41, Pe.TNL27, Pe.TNL25, Pe.CNL16 và Pe.TNL25 với tính nhiễm các bệnh thối gốc, đốm nâu và đốm dầu trên bộ mẫu giống chanh leo thu thập từ Nghệ An. Các chỉ thị SSR đặc hiệu gen NBS-LRR này sẽ là công cụ hữu hiệu phục vụ công tác chọn, tạo giống chanh leo kháng bệnh.