Gen Waxy (BGIOSGA022241) của giống lúa gốc và dòng đột biến của nó (từ chiếu xạ ionbeam liều 60Gy) được giải trình tự bằng phương pháp Sanger, sau đó sử dụng công cụ Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) để so sánh. Kết quả BLAST phát hiện 4 SNPs trên tổng số 1.812 nucleotit mã hóa và 59 SNPs trên tổng số 1.675 nucleotit không mã hoá. Bốn SNPs trên vùng mã hoá bao gồm: SNPs xoá T/- tại vị trí 34 trên vùng mã hoá 3; SNPs chèn -/T giữa vị trí 70 và 71 trên vùng mã hoá 3; SNPs thay thế C/T ở vị trí 14 trên vùng mã hoá 4 và SNPs thay thế T/C tại vị trí 115 trên vùng mã hoá 9. Trong 59 SNPs trên vùng không mã hoá, quan trọng nhất là xoá nucleotit G/- tại vị trí đầu tiên của vùng không mã hoá 6 và chèn đoạn (-/GGGCCTGCGAAGAAC TGGGAGAATGTGCTCCT) vào điểm nối giữa vùng không mã hoá 12 và vùng mã hoá 13. Các SNPs này cung cấp cơ sở để thiết kế các chỉ thị phân tử hỗ trợ chọn lọc các dòng lúa đột biến có hàm lượng amylose khác nhau, phục vụ chọn giống lúa đột biến chất lượng.