Nguồn phế phụ phẩm từ sản xuất trồng trọt: Lúa, ngô, lạc, mía... của cả nước nói chung và 10 tỉnh vùng dự án (Sơn La, Lào Cai, Phú Thọ, Bắc Giang, Nam Định, Hà Tĩnh, Bình Định, Bến Tre, Tiền Giang, Sóc Trăng) nói riêng là rất lớn. Theo tính toán, năm 2013 lượng phế thải từ trồng trọt của cả nước là 91.445.000 tấn, ở 10 tỉnh vùng dự án là 13.773.000 tấn. Sử dụng nguồn phế phụ phẩm từ trồng trọt của các tỉnh vùng dự án rất đa dạng với nhiều mục đích khác nhau. Phế phụ phẩm trong trồng trọt được làm chất đốt: Trấu (60,2%), thân lá lõi ngô (26,4%), bã mía làm viên nén nhiên liệu (42,5%): làm thức ăn cho gia súc: rơm rạ:18%, thân lá ngô (26,89%), thân lá lạc (29%), lá, bã mía (26,3%); chất độn chuồng nuôi, ủ phân hữu cơ, làm nấm… Tuy nhiên, vẫn còn tỷ lệ lớn hiện tượng đốt bỏ hoặc thải ra môi trường gây ô nhiễm nghiêm trọng. Đây là một trong những nguyên nhân gây phát thải và ô nhiễm môi trường sinh thái.