Chỉ thị ADN là công cụ hữu hiệu đóng vai trò quan trọng trong việc nhận dạng nguồn gen cũng như các giống cây trồng. Nghiên cứu sử dụng 46 chỉ thị SCoT và 13 chỉ thị genic-SSR là các chỉ thị PCR-based để xây dựng tiêu bản ADN của 12 giống chuối bản địa. Kết quả phân tích đa hình với chỉ thị SCoT thu được 29/46 mồi cho đa hình giữa các nguồn gen chuối nghiên cứu, tổng cộng thu được 267 băng đa hình. Kích thước sản phẩm khuếch đại trong khoảng từ 200-2000bp. Trong đó, 8 mồi ScoT khuếch đại được 10 băng đặc trưng giúp nhận dạng 4 nguồn gen Chuối Tây Thanh Hóa, Chuối Hột, Chuối Trăm nải, chuối Gáo. Mười trong tổng số 13 chỉ thị genic-SSR cho đa hình và đã được sử dụng thành công để lập tiêu bản ADN của các nguồn gen chuối nghiên cứu, kết quả thu được 64 alen từ 10 chỉ thị, 6 chỉ thị khuếch đại được 13 alen hiếm của 6 mẫu giống trong tập đoàn nghiên cứu. Kết quả này cung cấp thêm những thông tin cần thiết cho việc quản lý, nhận dạng, cũng như công tác chọn tạo giống chuối tại Việt Nam.