Trong nghiên cứu này, 23 nguồn gen chè Việt Nam được đánh giá đa dạng di truyền bằng 16 mồi SSR và 45 mồi SCoT (Start Codon Targeted). Trong đó, 16 chỉ thị SSR và 25 chỉ thị SCoT cho đa hình đối với tập đoàn nghiên cứu. Kết quả đã thiết lâp được 16 mẫu tiêu bản SSR và 25 tiêu bản ScoT của 23 nguồn gen chè. Trong đó, 13 nguồn gen chè có thể được phân biệt bởi 19 alen hiếm tại 15 locut chỉ thị (2 locut SSR và 13 locut SCoT). Phân tích đa dạng di truyền 23 giống chè sử dụng 41 chỉ thị phân tử (SSR và SCoT) thu được 405 alen, đạt trung bình 9,9 alen/locut. Chỉ số đa dạng PIC dao động từ 0,23 -0,98 (trung bình 0,73), chứng tỏ sự đa dạng cao về mặt di truyền của các locut nghiên cứu. Ma trận tương đồng và sơ đồ hình cây biểu diễn mối quan hệ di truyền giữa 23 giống chè được xây dựng dựa trên hệ số tương đồng DICE cho thấy hệ số tương đồng di truyền giữa các giống chè dao động từ 0,47 đến 0,79 (trung bình 0,59) và được phân làm 5 phân nhóm chính. Kết quả này cho thấy bộ chỉ thị có thể phát hiện sự khác biệt về di truyền giữa từng nguồn gen nghiên cứu.