Vi khuẩn là một trong những nhóm vi sinh vật có vai trò cực kỳ quan trọng trong quá trình lên men hạt cacao, trong đó nhóm vi khuẩn chính Acetobater tham gia vào quá trình oxy hóa rượu etylic, được tạo ra bởi hoạt động của nấm men, để tạo thành acid acetic. Trong quá trình lên men hạt cacao acid acetic kết hợp với nhiệt độ cao được tạo thành do các phản ứng chuyển hóa các hợp chất sinh học sẽ làm chết mầm hạt và phá vỡ các cấu trúc của tế bào để các hợp chất hóa học tác dụng với nhau làm chuyển hóa màu sắc và tạo nên chất lượng của hạt cacao cuối cùng. Phương pháp phân tích trình tự gen mã hóa 16S rRNA đối với một số dạng vi khuẩn được sử dụng để xác định các loài vi khuẩn. Kết quả thí nghiệm cho thấy số lượng tế bào vi khuẩn biến thiên từ 1,8 x 104 đến 7,2 x 107 CFU/g. Đã phân lập được 11 dạng khuẩn lạc có hình thái khác nhau thuộc 7 loài, bao gồm: 3 loài có tác dụng chuyển hóa etanol, manitol thành a xít acetic và có thể xúc tác thủy phân và ô xy hóa tới CO2 và H2 O là Acetobacter tropicalis, Acetobacter pasteurianus, Acetobacter indonesiensis, 1 loài ít gặp trong quá trình lên men hạt cacao là Acinetobacter. Đặc biệt có 3 loài chưa có nghiên cứu nào trong lên men hạt cacao đề cập tới là Microbacterium oxydans, Sphingomonas melonis và Serratia marcescens.