Đánh giá nguồn gen lúa là khâu quan trọng nhằm xác định và lựa chọn nguồn vật liệu phù hợp cho chương trình chọn giống theo mô hình MAGIC. 146 giống lúa Việt Nam đã được đánh giá về khả năng chống chịu ngập, mặn, hạn trong điều kiện nhân tạo và sàng lọc kiểu gen liên quan bằng chỉ thị SNP. Kết quả nghiên cứu đã xác định được 5 giống có khả năng chịu ngập tốt (OM8923 và Q5) và rất tốt (ML202, PY1 và AN4), 1 giống (Đốc Trắng) chịu mặn trung bình ở nồng độ 9‰ và 16 giống có tiềm năng chịu hạn tốt. Phân tích kiểu gen dựa trên 52 chỉ thị SNP đã xác định được 83; 1; 44 giống mang haplotype tương ứng với các locut SUB1, qDTY3.1 và qDTY12.1. Đặc biệt, các chỉ thị này cũng phân nhóm chính xác các dòng/giống lúa cải tiến và giống lúa địa phương trong bộ giống nghiên cứu.