Đánh giá đặc điểm hình thái của 42 mẫu giống sen cho thấy nhiều tính trạng biểu hiện sự đa dạng ở mức từ 2 - 4 cấp độ khác nhau, điển hình là các tính trạng màu lá non, bề mặt lá, gai trên lá, kiểu lá, kích cỡ cây, màu sắc nụ, màu sắc hoa, hình dạng nhị hoa, kiểu hoa, hình dạng cánh hoa lớp bên trong, chiều cao của hoa, hình dạng nụ hoa và hình dạng hoa, bề mặt trên của gương sen, hình dạng hạt, cách sắp xếp hạt trên và hình dạng gương sen khi gần chín. Đánh giá đa dạng di truyền các mẫu giống sen qua 26 tính trạng hình thái cho thấy ở mức tương đồng 0,19 thì 42 mẫu giống sen đã được phân tách thành 2 nhóm là nhóm hoa cánh đơn (nhóm I, II) và nhóm hoa cánh kép, nhiều lớp cánh (nhóm III, IV). Tại mức tương đồng di truyền 0,355 thì 42 mẫu giống sen phân tách thành 4 nhóm: Nhóm I gồm 33 mẫu giống sen lấy hạt và 2 mẫu giống sen lấy củ có hoa cánh đơn; nhóm II, III và IV gồm 7 mẫu giống sen lấy hoa, các mẫu giống có hoa cánh đơn ở nhóm II trong khi hoa cánh kép, nhiều lớp cánh ở nhóm III và IV.