Nghiên cứu sử dụng 14 mồi ISSR để đánh giá mức độ đa dạng di truyền của giống hoa huệ đơn, kép và hai dòng đột biến có 22 và 36 cánh hoa được tạo ra từ giống gốc 12 cánh do xử lý đột biến in vitro bằng tia gamma. Kết quả cho thấy 4 mồi có thể sử dụng để đánh giá sự đa dạng của các dòng/giống hoa, cho tổng số là 84 băng với trung bình 21,0 ± 5,89 băng/mồi. Trong đó có 100% băng đa hình, với số lượng dao động từ 13 đến 27 băng và có kích thước trong khoảng 150 - 3000 bp. Đặc biệt hai dòng hoa huệ đột biến có sự xuất hiện băng mới hoặc mất băng ADN so với giống gốc. Cây phân loại dựa trên hệ số tương đồng cho thấy hệ số này dao động trong khoảng 0,375 - 0,786. Trong đó, giống hoa huệ gốc 12 cánh và dòng hoa huệ đột biến 22 cánh có sự khác biệt nhau về khoảng cách di truyền, giống hoa 6 cánh và dòng đột biến 36 cánh thể hiện mối quan hệ di truyền gần nhau nhất. Kết quả này là thông tin hữu ích, tạo tiền đề cho việc chọn tạo giống hoa huệ.