Phương pháp ứng dụng chỉ thị phân tử và lai trở lại (MABC) đã được sử dụng để cải tiến giống lúa AS996 phổ biến thành giống lúa có thể chịu ngập mà vẫn duy trì các đặc tính ban đầu đang được nông dân và người tiêu dùng đón nhận. QTL chịu ngập Sub1 giữ vai trò tới 70% tính chịu ngập. Gen này được quy tụ vào giống AS996 bằng lai trở lại và hỗ trợ của chỉ thị phân tử. Nghiên cứu đã sử dụng 460 chỉ thị phân tử để đánh giá đa hình của bố mẹ; trong đó, 53 chỉ thị đa hình được sử dụng để đánh giá các thế hệ BC1F1, BC2F1 và BC3F1. Sau ba thế hệ lai trở lại, việc ứng dụng MABC đã tạo ra cá thể BC3F1 tốt nhất với 100% nền di truyền của giống nhân gen và kích thước gen chuyển Sub1 là 0.3 Mb, nằm giữa 2 chỉ thị phân tử ART5 và SC3. Chọn lọc kiểu hình được thực hiện trên thế hệ BC3F2 của các dòng đã được lựa chọn. Tỷ lệ sống sót của những dòng đã chọn này và IR64 Sub1 gần như giống nhau. Các dòng BC3F3 có đặc điểm nông sinh học tốt tiếp tục được chọn lọc để tạo giống lúa chịu ngập mới ASS996-Sub1 thích ứng với biến đổi khí hậu.