Đặc trưng ADN có thể trở thành chỉ tiêu quan trọng hỗ trợ trong khảo nghiệm DUS vì nó giúp đánh giá chính xác cho việc giám định và phân biệt một giống cây trồng mới. Nghiên cứu tiến hành phân tích một số cặp giống lúa có đặc điểm hình thái giống nhau bằng phương pháp sử dụng chỉ thị phân tử ADN. Phân tích bằng phần mềm POWER MARKER cho thấy với tần suất 4,9 - 7,2 alen, thì độ tương đồng chung của 62 tính trạng hình thái và các chỉ thị SSR là từ 0,36 - 0,64, trong khi hệ số đa dạng di truyền sẽ từ 0,33 - 0,59. Sử dụng bộ 30 chỉ thị SSR để phân tích 19 giống lúa giống nhau theo cặp trong khảo nghiệm DUS, kết quả cho thấy, cặp giống Nếp Triều Tiên cũ - Nếp Triều Tiên mới và cặp QX22 - X33 có hệ số tương đồng di truyền là 1.00. Các cặp có hệ số tương đồng di truyền xa nhau nhất là DB15 - NH3 (0,63), Thịnh dụ 8 - Thịnh dụ 4 (0,87). Còn lại gồm có cặp giống Nếp NĐ 1 - NĐ 2; cặp giống Nhiệt đới 1 - CL10; ba giống HT1, HT6, HT9, cặp giống TBR36 - TQ08, cặp giống Nếp Lang Liêu - Nếp GRQ10 có sự khác biệt không rõ ràng, chưa đủ để công nhận đó là các giống khác nhau theo cặp.