Cây lúa mẫn cảm với điều kiện mặn và cho phản ứng khác nhau tùy thuộc vào loại môi trường cũng như bản chất di truyền của từng cá thể. Phân tích tính chịu mặn ở cây lúa đòi hỏi phải kết hợp giữa đánh giá kiểu hình và kiểu gen. Chín mươi chín (99) dòng BC3 F2 của quần thể lai hồi giao OMCS2000*4/ Pokkali được thanh lọc khả năng chịu mặn với ba nồng độ muối khác nhau (EC = 0, 6 và 12 dS/m) ở giai đoạn mạ sau hai và bốn tuần thanh lọc. Kết quả ghi nhận 21/99 dòng biểu hiện tính chịu khá tốt ở cả 6 và 12 dS/m. Các dòng này tiếp tục được kiểm tra kiểu gen liên quan tính chịu mặn (Saltol) trên NST1 với hai chỉ thị phân tử RM3412b và RM8094. Kết quả cho thấy 100% dòng chịu mặn (21 dòng) đều có alen mặn trên NST1. Qua đánh giá kiểu hình và kiểu gen, các dòng lúa xác định có tiềm năng chịu mặn tốt là BC3 F2 -65, BC3 F2 -66, BC3 F2 -70, BC3 F2 -71, BC3 F2 -76, BC3 F2 -77, BC3 F2 -81 và BC3 F2 -83.