Gen kháng đạo ôn Pit đã được xác định có trong giống lúa Indica (Tjahaja) của Indonesia, có phổ kháng rộng (Kiyosawa et al.,1972). Gen Pit được phân lập và xác định thuộc họ CC-NBS-LRR (Hayashi et al., 2009). Nhiều nghiên cứu cho thấy rằng chỉ thị phân tử cho phép xác định các gen kháng trong nguồn gen lúa và có nhiều ưu thế trong chọn tạo giống lúa kháng do nó có thể đánh giá được sự tồn tại của các gen mà không cần lây nhiễm nhân tạo. Các marker chức năng được thiết kế từ các đa hình trong trình tự gen và không bị ảnh hưởng bởi sự thay đổi alen phi chức năng, đặc biệt có thể xác định các gen riêng lẻ. Dựa vào trình tự hệ gen của 17 giống lúa bản địa được giải mã, trong nghiên cứu này đã tầm soát và xác định được các candidate gen Pit ở 17 giống lúa nghiên cứu. Trong đó, có 9 giống có tổng số nucleotide ít hơn 3 nucleotide và 8 giống có tổng số nucleotide ít hơn 20 nucleotide so với gen tham chiếu LOC_Os01g05620. Đồng thời, đã thiết kế được marker Ins_Pit_17 dựa trên sự thêm/bớt đoạn ADN của các candidate gen Pit trong các giống lúa bản địa. Kết quả cho thấy: Có thể sử dụng marker chức năng đã thiết kế để nghiên cứu dự đoán chức năng gen Pit và ứng dụng trong các chương trình chọn tạo giống lúa.