Năng suất hạt là một trong những chỉ số quan trọng nhất trong chọn tạo lúa, được điều khiển bởi các locus tính trạng định lượng (QTLs). Các quần thể lai tái tổ hợp RILs (Recombinant Inbred Lines) được sử dụng rộng rãi để nghiên cứu QTL trong hệ gen lúa, với hàng trăm QTL liên quan đến năng suất đã được phát hiện. Nghiên cứu liên kết trên toàn hệ gen (GWAS) các tính trạng liên quan đến năng suất đã được tiến hành trên tập đoàn lúa địa phương Việt Nam và đã xác định được QTL9 mới tiềm năng, liên quan đến số gié thứ cấp/bông và số hạt/bông. Trong nghiên cứu này, các quần thể lai F1 đã được tạo ra từ các cặp lai giữa 2 nhóm lúa có kiểu hình bông trái ngược nhau (bông to và bông nhỏ) để làm vật liệu khởi đầu cho việc đánh giá vai trò của QTL9 thông qua các quần thể lai tái tổ hợp. Mười hai chỉ thị phân tử SSR được sử dụng để kiểm tra cây F1, trong đó 7 chỉ thị cho sự đa hình chiều dài ADN giữa các giống bố mẹ. Như vậy 51 dòng lai F1 đã được chọn lọc bằng 7 chỉ thị phân tử SSR, là nguồn vật liệu để tạo các quần thể lai tái tổ hợp F2, F3.