Các dòng nấm Colletotrichum spp. gây bệnh thán thư trên thanh long tại các tỉnh phía Nam đã được thu thập và khảo sát tính đa dạng phát sinh loài. ADN từ các dòng nấm được ly trích theo phương pháp của Trần Nhân Dũng và Nguyễn Vũ Linh (2011). Vùng ITS1 + 5,8S + ITS2 được khuếch đại bằng PCR với 2 cặp mồi ITS1 và ITS4. Trình tự ITS của 44 dòng nấm được phân tích và xác lập giản đồ cây phát sinh loài. Kết quả thu thập và phân lập ở Tiền Giang, Long An và Bình Thuận cho thấy loài nấm Colletotrichum gloeosporioides hiện diện 84,09%; loài Colletotrichum capsici hiện diện 13,63% và loài Colletotrichum truncatum hiện diện 2,27%. Giản đồ chia thành 3 nhóm: Nhóm thứ nhất gồm 37 dòng nấm Colletotrichum gloeosporioides có hệ số bootstrap là 99%; nhóm lớn thứ hai có 6 dòng nấm Colletotrichum capsici có hệ số Bootstrap là 98%; nhóm thứ ba là loài Colletotrichum truncatum có hệ số Bootstrap là 98%.