Trong nghiên cứu này, giống lúa thuần Bắc Thơm 7 (BT7) đã được tích hợp thành công 2 locus gen Sub1 và Saltol nhằm cải thiện khả năng chịu ngập và mặn. Trước hết, giống BT7 được quy tụ locus gen Sub1 từ giống cho gen IR64-Sub1 thông qua chọn dòng cá thể nhờ chỉ thị phân tử kết hợp lai trở lại (MABC). Cụ thể, quần thể BC2F2 từ tổ hợp lai BT7 ˟ IR64-Sub1 đã được sàng lọc kiểu gen và đánh giá kiểu hình. Kết quả đã xác định được 10 cá thể BC2 F2 mang locus gen Sub1 ở trạng thái đồng hợp tử, nền di truyền giống với BT7 nhất và có khả năng chịu ngập giai đoạn mạ trong điều kiện nhân tạo. Song song với đó, nghiên cứu đã tiến hành lai tạo quần thể BC3 F2 từ tổ hợp lai BT7˟ FL478 thông qua MABC để xác định các cá thể mang locus gen Saltol ở trạng thái đồng hợp tử, nền di truyền giống BT7 nhất và có khả năng chịu mặn. Lai tạo các cá thể mang gen Sub1 và Saltol và tiến hành tự thụ đã thu được 6 dòng cá thể F3 . Trong đó, F3 .3 và F3 .6 được xác định mang cả locus gen Sub1 và Saltol đồng hợp tử, nền di truyền giống với BT7 và có khả năng chịu ngập và mặn.