Cây bí xanh là một loại rau quan trọng và phổ biến ở Việt Nam. Để chọn tạo giống lai (F1) cho năng suất cao, chất lượng tốt cần nắm được thông tin về mối quan hệ di truyền, bên cạnh các kết quả đánh giá sâu về đặc tính nông sinh học của các vật liệu nghiên cứu. Trong nghiên cứu này đã sử dụng 5 chỉ thị phân tử RAPD và 5 chỉ thị SSR để đánh giá đa dạng di truyền của 26 mẫu giống bí xanh. Từ kết quả điện di sản phẩm RAPD-PCR và SSR-PCR của các chỉ thị, bằng phần mềm NTSYSpc 2.1 đã phân 26 mẫu giống bí xanh thành 9 nhóm với hệ số tương đồng 0,7. Kết quả nghiên cứu đã chỉ ra các mẫu giống có độ sai khác di truyền khá cao, chúng có ý nghĩa quan trọng trong tạo giống bí xanh lai mới.