Chỉ thị phân tử là công cụ hỗ trợ đắc lực và hiệu quả trong chọn tạo giống lúa nhằm chọn lọc nhanh các cá thể mang gen quy định tính trạng mục tiêu trong quần thể phân ly. Để đáp ứng được yêu cầu về thời gian và chi phí trong quá trình sàng lọc số lượng mẫu lớn đòi hỏi phải có phương pháp tách chiết DNA nhanh và đảm bảo chất lượng cho các phân tích di truyền. Ngày nay, có nhiều phương pháp tách chiết DNA hiệu quả, tuy nhiên, điều kiện trang thiết bị và hóa chất khác nhau ở mỗi phòng thí nghiệm dẫn đến sự sai khác về chất lượng DNA tách chiết. Trong nghiên cứu này đã áp dụng sáu phương pháp để tách chiết DNA tổng số từ mẫu lá lúa (CTAB cải tiến, Urea cải tiến, Muối cải tiến, IRRI, SDS cải tiến và FCRI). Hàm lượng và độ tinh sạch của mẫu DNA sau tách chiết đã được kiểm tra. Phương pháp FCRI cho nồng độ DNA cao (131,41 ng/µl), DNA đảm bảo nguyên vẹn và độ tinh sạch (giá trị OD260nm/ OD280nm đạt 1,8 - 2,0). Sản phẩm DNA tách chiết bằng phương pháp FCRI đáp ứng chất lượng cho phân tích PCR, tiết kiệm thời gian và hóa chất, giảm ô nhiễm môi trường.