102 chỉ thị SSR đã được sử dụng để nghiên cứu đa dạng di truyền của 108 mẫu giống mướp thu thập ở các tỉnh miền Bắc Việt Nam; trong đó có 50 chỉ thị cho các băng ADN đa hình. Kết quả cho thấy tổng số alen phát hiện tại 50 locut là 196 alen khác nhau với trung bình là 3,92 alen/locut, 7 alen đặc trưng ở 5 locut. Hệ số đa hình di truyền (PIC) dao động từ 0,49 (ZJULM70) đến 0,85 (ZJULM13) với giá trị trung bình là 0,69. Hệ số tương đồng di truyền giữa các mẫu giống dao động trong khoảng từ 0,47 đến 0,87. Ở hệ số tương đồng di truyền 0,60 thì 108 mẫu giống mướp chia thành 4 nhóm. Nhóm I gồm 30 mẫu giống có hệ số tương đồng di truyền dao động từ 0,65 đến 0,87. Nhóm II gồm 38 mẫu giống và chia thành 2 nhóm phụ: nhóm phụ II-a gồm 30 mẫu giống có hệ số tương đồng di truyền từ 0,67 đến 0,86 và nhóm phụ II-b gồm 8 mẫu giống có hệ số tương đồng di truyền từ 0,66 đến 0,78. Nhóm III gồm 23 mẫu giống có hệ số tương đồng di truyền từ 0,62 đến 0,75. Nhóm IV gồm 17 mẫu giống còn lại có hệ số tương đồng di truyền cao nhất là 0,82. Các kết quả thu được trong nghiên cứu này rất có ý nghĩa trong công tác bảo tồn và chọn tạo giống mướp ở Việt Nam.