Bài báo trình bày thực trạng sản xuất, ứng dụng chế phẩm vi sinh và đề xuất định hướng phát triển công nghệ vi sinh vật (VSV) trong nông nghiệp tại Việt Nam. Các ứng dụng công nghệ vi sinh trong nông nghiệp Việt Nam như: i) Phân giải các hợp chất hữu cơ; ii) Phân giải lân; iii) phân giải kali; iv) Phân giải protein, lipit, tinh bột,…; v) Sinh các chất kích thích sinh trưởng thực vật; vi) Cố định nitơ tự do; vii) Đối kháng bệnh thực vật; viii) Sinh polysacharit; ix) Vi sinh vật khử mùi hôi,… Có khoảng 980 doanh nghiệp tiêu biểu hoạt động trong lĩnh vực vi sinh nông nghiệp đã được khảo sát trong cả nước, cho thấy, sản xuất thức ăn chăn nuôi chiếm tỉ lệ cao nhất (362 doanh nghiệp, chiếm 37%), tiếp theo là nhóm thuốc bảo vệ thực vật (200 doanh nghiệp, chiếm 21%), kế đến là nhóm sản xuất phân hữu cơ vi sinh, thuốc thú y và chế phẩm probiotic cho động vật (180, 121 và 96 doanh nghiệp, chiếm 18%, 12% và 10% tương ứng). Cuối cùng là nhóm sản xuất nấm ăn và nấm dược liệu, có 21 doanh nghiệp, chiếm 2%.. Các công nghệ (CN) bảo quản lạnh sâu, CN đông khô, CN tạo giống ADN tái tổ hợp, CN sấy phun có tầm quan trọng ở mức trung bình. Năng lực về một số công nghệ VSV tương đương thế giới như: CN bảo quản trên thạch, trong glycerol, silica gel. Các CN khác chủ yếu ở mức trung bình so với các nước trên thế giới, ngoại trừ các CN vi nang. CN chỉnh sửa gen, CN ứng suất tới hạn và CN vi nang đều ở mức rất thấp. Cần có những định hướng phát triển như: Sử dụng công nghệ ADN, chỉnh sửa gen để tạo chủng giống VSV vật hữu ích đa hoạt tính. Tiếp tục phát triển CN bảo quản, CN lên men và CN thu hồi sản phẩm ở mức độ cao hơn. Tập trung CN lên men chìm liên tục hiếu khí, CN lên men bề mặt rắn hiếu khí, phát triển CN lọc tiếp tuyến và công nghệ lọc thu dịch. Kiến nghị Nhà nước cần có những chính sách khuyến khích các cơ sở nghiên cứu và doanh nghiệp phát triển công nghệ vi sinh như: Tăng đầu tư nghiên cứu lĩnh vực công nghệ vi sinh trong nông nghiệp, nhất là nghiên cứu tạo giống vi sinh vật từ nguồn gen VSV bản địa; Giảm lãi suất tín dụng, giảm thuế sử dụng đất và miễn giảm thuế cho những doanh nghiệp khoa học; Hỗ trợ kinh phí cho sản xuất và sử dụng chế phẩm vi sinh và phân bón hữu cơ. Đơn giản quy trình công nhận sản phẩm, chế phẩm và giống VSV; xây dựng bộ tiêu chuẩn thống nhất; tăng cường kiểm soát sản phẩm; xây dựng các tiêu chuẩn phi thuế quan để hạn chế nhập khẩu, nhằm bảo hộ các sản phẩm trong nước.