Lúa mùa nổi là một quần thể lúa phát triển trong điền kiện nước nổi đã tồn tại trong một thời gian dài trong vùng tứ giác Long Xuyên. Tuy nhiên, lúa mùa nổi đang bị suy thoái nguồn gen và mất dần do sự chuyển đổi điều kiện canh tác. Với mục tiêu đánh giá nguồn gen của quần thể lúa mùa nổi hiện nay để phục vụ cho các kế hoạch lai tạo và chọn lọc trong thời gian tới, nghiên cứu được thực hiện nhằm đánh giá đa dạng di truyền của 46 dòng lúa mùa nổi bằng 20 chỉ thị phân tử SSR. Kết quả đánh giá được phân nhóm bằng phương pháp UPGMA cho thấy quần thể lúa mùa nổi có độ đa dạng với mức khác biệt di truyền nhỏ hơn 30%. Qua đó đã phân nhóm di truyền quần thể lúa mùa trong nghiên cứu thành 4 nhóm lớn với khác biệt di truyền tổng thể giữa các nhóm là 27%. Kết quả nghiên cứu có thể ứng dụng cho mục đích bảo tồn và lai tạo.