Nghiên cứu sử dụng 41 chỉ thị phân tử SSR để đánh giá đa dạng di truyền tập đoàn 100 mẫu giống bí đỏ địa phương. Kết quả cho thấy, trong số 41 chỉ thị SSR có 23 chỉ thị cho đa hình; các băng đa hình nằm trong khoảng từ 109 - 256 bp. Trong số 23 chỉ thị cho đa hình có 9 locut nhận dạng alen đặc trưng của 13 giống bí đỏ, các locut này có thể được sử dụng làm chỉ thị để nhận dạng các giống bí đỏ. Hệ số tương đồng di truyền của các mẫu giống bí đỏ nghiên cứu dao động từ 0,48 đến 0,99. Hai cặp giống là B76 (Bí đỏ - SĐK 6559) với B42 (Bí đỏ - SĐK 6740); B76 (Bí đỏ - SĐK 6559) với B71 (Bí đỏ - SĐK 3826) có quan hệ di truyền xa nhất (hệ số tương đồng di truyền là 0,48) có thể sử dụng tạo tổ hợp lai trong tạo giống bí đỏ sau này.