Nghiên cứu đã sử dụng chỉ thị phân tử RAPD và ISJ để đánh giá và xác định tần số đột biến của quần thể ở ngô được tạo ra từ gây đột biến hạt phấn với hóa chất EMS. Kết quả sử dụng 50 mồi RAPD và 2 mồi ISJ với DNA của giống ngô ML10 (giống nền sử dụng để tạo quần thể đột biến) đã xác định được 10 mồi đa hình từ 3 - 4 băng. Trong 10 mồi sử dụng, có 5 mồi chạy ổn định và lặp lại tốt giữa 186 mẫu DNA được tách từ 186 cá thể M1 từ quần thể đột biến. Tần số đột biến trung bình cho cả 5 mồi là 1/34,3 kb. Nghiên cứu này là bước đầu tiên đánh giá chất lượng quần thể đột biến bằng chỉ thị phân tử. Kết quả mở đường cho các nghiên cứu khác như sàng lọc kiểu hình, giải mã hệ genome, để đánh giá sâu hơn quần thể đột biến EMS ở ngô ML10 làm cơ sở cho nghiên cứu cơ bản chức năng gene và chọn giống.