Chỉ thị phân tử đã được ứng dụng rất nhiều trong lĩnh vực chọn tạo giống cây trồng, đặc biệt là cây lúa. Quần thể chọn giống được tạo ra từ việc lai tạo giữa giống lúa AS996 và giống lúa mang gen chịu ngập IR64-Sub1. QTL chịu ngập Sub1, giữ vai trò tới 70% tính chịu ngập. Sử dụng 400 chỉ thị để sàng lọc hai giống bố mẹ đã tìm được 71 chỉ thị SSR cho đa hình. Tiến hành chọn lọc các cá thể của quần thể lai trở lại trong thế hệ BC1F1 , BC2F1 và BC3F1 bằng chỉ thị phân tử SSR đa hình để sàng lọc sự có mặt của QTL chịu ngập Sub1 và nền gen giống nhận gen. Trong số 120 cá thể BC1F1 , đã chọn được cá thể số 16 mang nền gen của giống AS996 là 80% (alen A), và mang kiểu gen dị hợp tử (alen H) đạt tỉ lệ 20% để phát triển tiếp quần thể lai trở lại. Trong số 128 cá thể BC2F1 , đã chọn được cá thể số 5 mang nền gen của giống AS996 là 93,8% (alen A), và mang kiểu gen dị hợp tử (alen H) đạt tỉ lệ 6,2% để phát triển tiếp quần thể lai trở lại trong việc tạo thế hệ BC3F1 cho chọn giống. Trong số 132 cá thể BC3F1 , đã chọn được cá thể số 56 với 98,9% nền di truyền của giống nhận gen AS996 và mang QTL Sub1. Cá thể số 56 của thế hệ BC3F1 được tự thụ tạo ra thế hệ BC3F2 , BC3F3 để phát triển thành quần thể chọn giống trong các giai đoạn tiếp theo. Các dòng BC3F3 có đặc điểm nông sinh học tốt và có tính chịu ngập cao tiếp tục được chọn lọc để tạo giống lúa chịu ngập mới ASS996-Sub1 thích ứng với biến đổi khí hậu.