Nhằm hiểu rõ nguồn gốc phát sinh của bệnh thán thư gây hại thanh long, nghiên cứu về sự hiện diện nấm Colletotrichum trong nước mưa, nước mương, rãnh, tàn dư thực vật và mẫu đất ở độ sâu (0 - 10 cm) được tiến hành trong vườn thanh long. Kết quả ghi nhận nấm Colletotrichum tồn tại trong nước mưa, mương, tàn dư thực vật (mô cây chết) và trong đất thu tại vườn ở tỉnh Tiền Giang, Long An và Bình Thuận. Mật số khuẩn lạc nấm Colletotrichum ở thời điểm trước, giữa và cuối mùa mưa khá cao và khác biệt có ý nghĩa qua thống kê. Thu thập được 8 chủng nấm Colletotrichum qua đặc điểm hình thái (TL-N1, TL-Đ1, TL-N2, TL-Đ3, TL-N3, TL-D1, TL-D2, TL- Đ2). Lây nhiễm nhân tạo cho thấy chủng nấm TL-D1 và TL-D2 thu thập từ tàn dư thực vật có tỷ lệ bệnh (65%; 60%), chỉ số bệnh (7,22%; 6,67%) cao nhất và khác biệt có ý nghĩa thống kê so chủng nấm thu thập từ nước mưa, nước mương và trong đất. Các chủng nấm còn lại có tỷ lệ bệnh và chỉ số bệnh khác biệt có ý nghĩa thống kê so với nghiệm thức chủng nước cất. Điều này chứng tỏ chủng nấm Colletotrichum thu thập được đều gây bệnh thán thư trên thanh long và có thể là nguồn phát sinh gây bệnh thán thư gây hại trên thanh long.