Nghiên cứu sử dụng 20 giống lúa japonica để đánh giá đa dạng di truyền các đặc tính phẩm chất gạo và so sánh với 6 cặp mồi SSR được công bố có liên kết với các tính trạng nghiên cứu. Kết quả phân tích phẩm chất gạo cho thấy, hầu hết các giống lúa có chiều dài hạt gạo từ ngắn đến trung bình, hình dạng hạt gạo từ trung bình đến bầu. Hàm lượng amylose thuộc 4 nhóm là nếp, thấp, trung bình và cao. Độ bền gel chủ yếu thuộc nhóm mềm đến rất mềm và nhiệt trở hồ chỉ phân thành 2 nhóm cao và thấp. Phân tích đa dạng di truyền các đặc tính phẩm chất gạo cho thấy, 20 giống lúa được chia thành 4 nhóm có độ tương đồng khoảng 95%. Kết quả phân tích kiểu gen cho thấy, chỉ thị phân tử RM164 và RM203 có thể xác định được các giống lúa có độ bền gel mềm đến rất mềm và nhiệt trở hồ cao với độ chính xác lần lượt là 87,5% và 92,3%. Chỉ thị RM230 và RM255 có thể xác định chính xác được giống lúa có chiều dài hạt gạo ngắn, hình dạng hạt gạo bầu. Riêng chỉ thị RM230 còn xác định được giống lúa có hàm lượng amylose thấp đến rất thấp.