Đa dạng di truyền của 49 chủng thuộc nhóm Bacillus subtilis phân lập ở An Giang và Cần Thơ được khảo sát bằng phương pháp giải trình tự đoạn gen Zinc finger và phương pháp PCR dùng mồi thiết kế trên các chuỗi lặp (Repetitive element sequence-based  PCR, rep-PCR). Cây phát sinh loài dựa trên trình tự đoạn gen Zinc finger cho thấy 49 chủng thuộc nhóm B. subilis được chia thành 02 nhóm chính (I và II) và tương đồng cao với các loài B. velezensis và B. amyloliquefaciens, B. siamensis, B. subtilis, B. tequilensis. Riêng chủng B1008 hoàn toàn tách biệt với các chủng khác và chỉ tương đồng 91,7% với chủng B. velezensis WLYS23. Trong khi đó, cây phân nhóm dựa trên rep-PCR với mồi BOX-A1R cho thấy 49 chủng này được chia làm 2 nhóm chính (A và B). Nhóm A phân thành các nhóm phụ (A1, A2) có kết quả giải trình tự tương đồng với các loài B. velezensis và B. amyloliquefaciens, B. siamensis, B. subtilis. Nhóm B (gồm 4 chủng) có kết quả giải trình tự thuộc 4 loài khác nhau và chủng B1008 nằm tách biệt với các chủng khác. Từ những kết quả trên cho thấy, phương pháp giải trình tự đoạn gen Zinc finger và phương pháp rep-PCR có sự tương đồng trong việc phân nhóm các chủng thuộc nhóm B. subtilis. Đây là những công cụ hữu ích để đánh giá mối quan hệ di truyền cũng như góp phần định danh các chủng Bacillus spp.