Nghiên cứu đã sử dụng chỉ thị SSR để đánh giá đa dạng di truyền nguồn gen bí đỏ được thu thập ở các tỉnh miền Bắc Việt Nam. Kết quả nghiên cứu sử dụng 48 chỉ thị SSR để phân tích đa dạng di truyền của 132 mẫu giống bí đỏ cho thấy: Số alen thu được tại mỗi locút dao động từ 2 - 6 alen, tổng số alen trên tất cả các locút là 126, trung bình là 2,63 alen/locut. Mức độ tương đồng dao động từ 0,64 đến 0,92 và hệ số PIC dao động từ 0,16 - 0,65 và trung bình là 0,42. Đã xác định được 10 chỉ thị gồm: CMTp127, CMTm232, CMTm120, CMTp182, CMTp193, CMTm252, CMTp248, CMTm107, CMTp233, CMTm259 cho nhận dạng đặc trưng đối với 10 mẫu giống gồm: SĐK3826 (bí đỏ), SĐK3639 (bí mận), SĐK3825 (làng quả), SĐK9294 (Qua đeng), SĐK 6552 (bí đỏ) , SĐK6741(bí tẻ), SĐK7560 (cặm quạ), SĐK 15108 (qua hạnh), SĐK15129 (mơ luông), SĐK 19327 (bí tỏ). Kết quả nghiên cứu này là cơ sở thông tín, dữ liệu, nguồn vật liệu quý phục vụ cho công tác bảo tồn và khai thác phát triển nguồn gen bí đỏ.