Ngập là một trong những điều kiện bất thuận của thiên nhiên ảnh hưởng đến sinh trưởng, phát triển của cây lúa, đặc biệt là trong giai đoạn nảy mầm. Lúa là loại cây trồng duy nhất trong nhóm ngũ cốc có khả năng nảy mầm trong điều kiện ngập sâu. Đặc điểm quyết định tính chịu ngập của các giống lúa trong giai đoạn nẩy mầm chính là khả năng hình thành và kéo dài thân mầm. Nhiều công trình nghiên cứu trên thế giới đã được thực hiện nhằm làm sáng tỏ cơ chế điều khiển đặc tính này. Một trong số đó là việc tìm ra gene TPP7 có vai trò quan trọng trong tính chịu ngập của giống lúa Khao Hlan On. Vai trò của một số hormone như Auxin trong việc kích thích kéo dài thân mầm trong điều kiện ngập sâu cũng đã được công bố. Tại vùng Đồng bằng sông Cửu Long, do tình hình thiếu hụt lao động trong ngành sản xuất lúa gạo, phương pháp canh tác đã chuyển gần như hoàn toàn từ lúa cấy sang lúa gieo sạ trực tiếp (sạ khô, sạ ngầm). Việc nghiên cứu và sử dụng các giống lúa có khả năng chịu ngập trong giai đoạn nẩy mầm là vô cùng quan trọng. Trong phạm vi bài tổng quan này, tác giả tổng hợp các công trình công bố gần đây liên quan tính chịu ngập của cây lúa ở giai đoạn nảy mầm và cơ chế đằng sau kiểm soát đặc tính này của cây lúa cũng như thảo luận về triển vọng nghiên cứu chọn tạo giống lúa chịu ngập giai đoạn nảy mầm ở nước ta.