Mười chỉ thị RAPD và 3 chỉ thị ISSR được sử dụng để phân tích đa dạng di truyền của 32 mẫu giống cam quýt thu thập ở khu vực miền Bắc Việt Nam, trong đó có 04 mẫu cam sành Bố Hạ. Kết quả phân tích cho thấy, các mẫu giống cam quýt có sự đa hình cao về mặt di truyền và được chia thành 2 nhóm chính, nhóm I và II, trong đó nhóm II gồm 4 nhóm phụ IA1, 1A2, 1B1 và 1 B2. Cam sành Bố Hạ thuộc nhóm phụ phát sinh riêng biệt so với cam sành Hàm Yên, cam sành Hà Giang. Hệ số khác biệt di truyền giữa nhóm phụ phát sinh cam sành Bố Hạ và nhóm phụ phát sinh cam sành Hàm Yên, cam sành Hà Giang là 0,25 (hệ số tương đồng di truyền là 0,75). Kết quả nghiên cứu cho thấy, giống cam sành Bố Hạ có nguồn gốc phát sinh và đặc điểm di truyền khác biệt so với giống cam Hàm Yên và cam sành Hà Giang và các giống cam quýt khác, là cơ sở khoa học phục vụ tái cơ cấu cây trồng và phát triển giống cam sành Bố Hạ khu vực miền núi phía Bắc Việt Nam.